金关二期加工贸易与保税管理业务系统包含电子化手册、电子账册和“以企业为单元”三种加工贸易业务监管模式，电子化手册和电子账册对应当前的两种监管模式，“以企业为单元”则是在金关二期改革业务中推出的新型监管模式。

　　金关二期全面适用于海关金关二期新监管模式下的关务应用；高效便捷化进出口通关管理，通关作业系统数据流程化；建立日常关务信息化作业平台，简化并固化日常关务操作流程；综合性的关务信息化风险预警管控(进出口通关、核注底账数据平衡、保税货物流转、委外加工、短溢平衡、AEO合规作业等)；关务物流数据一体化集成管理，及时建立海关核查与企业自我稽查全套资料；快捷查询各类报表数据的关联凭证，快速体现各类单证的来源流向和关联性；对接“单一窗口”标准版，通关数据互联互通；勾稽企业生产管理系统，实现关务物流集成化作业内控外联。